水質自動監測系統的功能目前進行水質監測大多采用兩種方式：1．手工采樣實驗室監測因為跨省、市界的河流監測斷面均距離城鎮較遠，手工采樣方式路途遠，按照樣品保存規范，第二天必須要把樣品送回實驗室檢測；大多數情況下這種方式不能做到對河流水質的實時監測。2．采用自動監測儀器進行水質自動監測這種方式可以實時監測水質變化。常規水質在線監測包括：pH，溶解氧，電導率，濁度和溫度；其他監測指標還包括氨氮、總碳（TOC）和化學需氧量（COD）、總磷總氮、葉綠素/藍藻等。只需經過幾分鐘的數據采集，水質信息就可發送到環境分析中心的服務器中。一旦觀察到有某種污染物的濃度發生異變，環境監測部門就可以立刻采取相應的措施，到現場手工取樣具體分析。該系統的建立實現了河流水質監測的自動化，避免了人工監測帶來的費時費力等各種負面影響。該系統監測數據可通過網絡在環境部門共享，為領導決策提供科學依據。以往在河流水質發生重大污染后，通過手工采樣實驗室分析，分析結果出來后向環境主管部門報告，環境部門才能做出決策，在時間上存在一定的滯后性。而地表水水質自動監測系統的建立可實時傳輸水質監測數據，當水質情況發生較大變化趨勢時，系統會出現水質信息報警，環境部門可以立即響應，把污染損失降到最低，防患于未然，充分發揮水質自動監測的優越性。

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